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From transcriptomics to bibliomics.
(De la transcriptomique à la bibliomique).
Article
Publié dans : Medical Sciences Monitor, Pologne, vol. 9, n° 8, août 2003, pp. 89-95, ill., bibliogr. (En anglais)
Actuellement, les recherches en biologie concernent principalement les génomes et non plus les gènes comme par le passé. Il est aujourd'hui possible de comparer dans leur ensemble, des génomes, transcriptomes ou protéomes par l'utilisation de données alphanumériques correspondant aux niveaux d'expression différentielle de milliers de gènes. La difficulté est de relier les résultats obtenus avec les microréseaux de gènes aux données factuelles ou bibliographiques afin de parvenir a une information structurée et rare, au sens de Shannon. Cet article présente un outil, DILIB (Documentation and Information LIBrary), capable de retrouver, organiser et analyser un grand nombre de données disponibles sur Internet en relation avec les expériences de microréseaux de gènes. DILIB peut relier des centaines de gènes exprimés de façon différentielle par le biais de leur identifiant (single identifier) ou de leur numéro d'accès GenBank et comparer de façon systématique des milliers de descripteurs non triviaux reliés aux groupes géniques. Comme le montre la comparaison de fréquence des MESH (Medical Subject Heading) et le numéro d'enregistrement des descripteurs (Registry Number), la contribution de "integrine", "interleukine" et "antigènes CD" dans les mésothéliomes a été ré-analysée. Ainsi, DILIB a permis : 1. d'associer la littérature aux gènes exprimés de façon différentielle ; 2. de relier les transcriptomes fonctionnels de différentes expériences ; 3. d'associer des mots-clés spécifiques aux résultats de ces expériences ; 4. de définir de nouveaux champs de recherche ; 5. de trouver de nouvelles fonctions à des gènes co-exprimés. Un nouveau concept de "bibliomique" est proposé, correspondant à l'annotation des données "omiques" par une recherche automatisée et ciblée d'informations biologiques pertinentes à partir de bases de données et de la littérature scientifique existantes.